Les Agome comme la plupart des populations du Sud-Togo se réclament descendants du groupe ethnique Adja-Ewé. Les origines des ancêtres des Adja remontaient probablement au pays Yorouba (au Nigeria actuel). Dans leur périple, ils s’étaient installés successivement à Kétou (Bénin) et Tado (Togo), avant de fonder la cité de Notsé (XVIIème siècle).
Après l’exode des Ewé de Notsé, de nombreuses populations Ewé auraient dû fuir. Certaines se sont réfugiées à Gamé. Les fugitifs se sont installés ensuite dans les zones d’Agome, Agou, Kpélé, Danyi, Gbi, Péki, Kpando, Matsè et Wodzo. Ce périple a conduit les Agome sur le mont Méléku.

Les fugitifs se sont installés provisoirement à Anidi, localité située à 13 km au Nord-Ouest de Kpalimé. A Anidi, les Agome étaient constitués de cinq clans dirigés par le chef guerrier Tsali. Ils pratiquaient comme activités : l’agriculture, la chasse, l’élevage, la pêche, l’artisanat et le commerce. Ils avaient passé ensemble une vie commune. Toutefois, les fugitifs et certains clans se détachèrent de leur groupe à la recherche d’autres refuges après des tensions. Les Agomé se séparèrent alors pour former cinq villages distincts, à la fin du XVIIème siècle ou au début du XVIIIème siècle.

Un groupe s’est installé derrière une rivière, ce sont les Agomé-Tomégbé. Un autre groupe s’installa sur une élévation, ce sont les Agomé-Kpodzi. Le troisième groupe, arrivé sur son site actuel, se dit fatigué et décida de « s’insérer là » ce qui devient Agomé-Kusuntu. Le groupe du chef guerrier Tsali, voulait rester au centre pour appeler «Yô» en cas d’attaques des ennemis, ce sont les Agomé-Yoh. Le dernier groupe à se détacher ne trouva pas assez d’espace, voulait s’insérer « Kpalideme » entre ses confrères et les Tové, les Agou et les Hanyigba. Ce sont les Agomé- Kpalimé.

Le quartier de Domé (ou Fiakomé = quartier du chef) est le premier quartier des autochtones où tous s’étaient regroupés. Par la suite, les habitants se sont dispersés pour créer d’autres quartiers tels que : Avénuié (actuel Numétukodzi) ; Dzigbé (actuel Atakpamékodzi) ; Agnigbé (actuel Zomayi) afin d’éviter les attaques inopinées des ennemis Ashantis du Ghana voisin.
Ces cinq (5) villages formaient un seul canton celui d’Agomé.

Récemment, ce canton a été subdivisé en trois (3) cantons :

le canton d’Agome-Kpalimé

Kpalimé a subi de 1890 à 1960, une triple administration coloniale (allemande, anglaise et française) qui l’a profondément marquée. Les Allemands, après le transfert du chef-lieu de Misahöhe à Kpalimé, avaient transformé progressivement le quartier de Domé, fief de l’administration coloniale, en un centre urbain, en y implantant bureaux, services administratifs et équipements socio-économiques.